In een blog beweerde de leider van de anti-LGBT-Family Research Council dat de vlaggen 'schokkend' en 'onaangenaam' zijn. Hij schreef: "Het is een schokkend zicht op de 5e verdieping van het Longworth House Office Building. Een zee van babyblauwe en roze vlaggen begroet iedereen die voorbijloopt - een onaangename herinnering aan waar de prioriteiten van de nieuwe meerderheid precies  liggen. Niet dat iemand het echt nodig had om eraan herinnerd te worden.’’ Perkins ging verder met te beweren dat het verbieden van transgender-troepen "ons leger redt van dodelijke afleidingen", ondanks het feit dat deskundigen zeggen dat het geen rechtvaardiging is voor het verbod. 

Perkins werd in 2018 benoemd tot lid van de Amerikaanse Commissie voor Internationale Religieuze Vrijheid, ondanks zijn extreme anti-LGBT-overtuigingen. Perkins beweerde in een blogpost van 2018 dat het decriminaliseren van homoseksualiteit een 'vergissing' was.                  

De evangelische leider is ook veroordeeld door de Jewish Anti-Defamation League voor het herhaaldelijk koppelen van homorechten aan de Holocaust en het vergelijken van homoseksuele mensen met nazi's. In 2014 drong Perkins erop aan dat christenen "zouden merken dat we geladen worden in veewagens zoals het was toen de nazi's het overnamen voordat we ons realiseerden dat we in zo'n verschrikkelijk gevaar verkeren". Hij beweerde dat christenen naar "kampen" worden gestuurd en dat binnenkort homo's "beginnen met het uitrollen van de goederenwagons om christenen te gaan halen".